著作：

1. 陳智衡。《香港九龍塘基督教中華宣道會歷史》（寫作中）
2. 陳智衡。《中華基督教會公理堂歷史》（寫作中）
3. 陳智衡。《建道神學院學生佈道團百年史》。香港：建道神學院，2018。
4. 陳智衡。《紅火淬煉——近代中國基督教政教關係史（1911-1952）》。香港：建道神學院，2016。
5. 陳智衡。《合一非一律：中華基督教會歷史》。香港：建道神學院，2013。
6. 陳智衡。《太陽旗下的十架:香港日治時期基督教會史》。香港：建道神學院，2009。

編著：

1. 劉義章、張雲開、陳智衡主編：《國不攻打國：戰爭與和平史學論集》。香港：建道神學院，2019。
2. 黃文江、張雲開、陳智衡主編：《務要傳道：內戰時期的中國教會》。香港：建道神學院，2019。
3. 張雲開、陳智衡主篇。《我信，所以說話：梁家麟院長六秩壽辰紀念視賀文集》。香港：建道神學院，2018。
4. 黃文江、張雲開、陳智衡主篇:《恆與變：1949年以來的中國基督教史論集》。香港：建道神學院，2017。
5. 黃文江、張雲開、陳智衡主編。《變局下的西潮：基督教與中國的現代性》。香港：建道神學院，2015。

學術論文:

1. 陳智衡。〈留下來的抉擇：以香港淪陷時期基督徒為個案探討（1941-1945）〉。發表於「建道神學院基督教與中國文化研究中心成立30週年誌慶：「困境與抉擇」學術研討會」（2023年12月4日）。未刊稿。
2. 陳智衡。〈香港日治時期佛教與基督教推動和平觀念的異同〉《建道學刊》。第六十期。2023年7月。頁123－138。
3. 陳智衡。〈與普世結連的誠靜怡之中國本色教會理論〉。發表於「基督教中國化研討會」。2023年5月19日。未刊稿。
4. 陳智衡。〈日本侵華時期中華基督教會全國總會的緊急接棒：以張伯懷為個案探討〉。發表於「變幻時代中的接棒：近代基督教史學術研討會」（2022年12月19日）。未刊稿。
5. 陳智衡。〈廣西宣道會的最後十年（1948－1958）〉《華神期刊》第十三期。2022年12月。頁116－155．
6. 陳智衡。〈具遠象的華人會督莫壽增〉。翁傳鏗主編。《省港基督教先賢》。香港：基督教文藝出版社，2022。頁130－154。
7. 陳智衡。〈一生投身於青年工作的梁小初〉。翁傳鏗主編。《省港基督教先賢》。香港：基督教文藝出版社，2022。頁195－210。
8. 陳智衡。〈早期海歸知識分子譚沃心〉。翁傳鏗主編。《省港基督教先賢》。香港：基督教文藝出版社，2022。頁211－224。
9. 陳智衡。〈遊走多個信仰傳統的李啟榮〉。翁傳鏗主編。《省港基督教先賢》。香港：基督教文藝出版社，2022。頁237－252。
10. 日文：陳智衡，渡辺祐子訳。〈香港のキリスト教の社会参与に関する研究 1841年から2019年まで〉《紀要》53號（東京：明治学院大学キリスト教研究所，2021），155－190頁。
    中文：陳智衡，渡邊祐子譯。〈香港基督教的社會參與初探（1841－ 2019）〉《紀要》53號（東京：明治學院大學基督教研究所，2021）， 頁155－190。
11. 陳智衡。〈聖職與俗職之間：以巴色會的彭樂三為個案探討〉。發表於「第十一屆近代中國基督教史國際學術研討會：華人教會與普世基督教」（2019）。未刊稿。
12. 陳智衡。〈香港日治時期中日教會領袖的接觸與互動（1941－1945）〉，王成勉主編：《日本帝國下的基督教會》。台北：中央大學出版中心，2019）。頁109－130。
13. 陳智衡。〈戰後中華基督教會「大中華」合一擴展的嘗試：以南洋及台灣為個案探討〉。黃文江、張雲開、陳智衡主篇：《務要傳道：內戰時期的中國教會》。香港：建道神學院，2019。頁307－332。
14. 陳智衡。〈少年王明道的信仰轉折〉。發表於「建道神學院．神召神學院之學術交流會：社會參與．靈性．靈恩（2018）」。未刊稿。
15. 陳智衡。〈恐懼陰霾下的抉擇〉，張慧嫈主編：《戍守雲開：佔領運動後教會十堂課》。香港：德慧文化圖書有限公司，2018。頁3－40。
16. 陳智衡。〈從梧州到長洲:建道神學院學生佈道團的歷史承傳(1949-1960) 〉。黃文江、張雲開、陳智衡主篇:《恆與變：1949年以來的中國基督教史論集》。香港：建道神學院，2017。頁545－553。
17. 陳智衡。〈香港聯合教會計劃的歷史〉。發表於「香港的歷史興社會研究國際學術研討會（2016）」。未刊稿。
18. 陳智衡。〈滕近輝牧師與戰後香港教會合一問題爭議〉《建道學刊》。第四十五期。2016年6月。頁93－107。
19. 陳智衡。〈早期中國共產黨對基督教會的衝擊（1921－1935）〉。發表於「戰爭與和平國際學術研討會（2015）」
20. 陳智衡。〈中華基督教會對二十世紀上半葉的中國教育政策的回應〉《建道學刊》。第四十三期。2015年1月。頁131－165。
21. 陳智衡。〈戰後香港中華基督教會歷史初探（1945–1956）〉《景風》。第十三期。2014年。
22. 陳智衡。〈中共建國前後崔憲詳的掙扎與抉擇〉《建道學刊》。第三十九期。2013年1月。頁233－274。
23. 陳智衡。〈中華基督教會「教會中心」的嘗試〉。黃文江、劉義章、郭偉聯主篇:《法流十道：近代中國基督教區域史研究》。香港：建道神學院，2013。
24. 陳智衡。〈抗日時期基督教會的軍人服務──基督教負傷將士服務協會史述〉《建道學刊》。第三十三期。2010年1月。頁61－109。

書評:

1. 陳智衡。〈評查忻:《旭日旗下的十字架:1930 年以降日本軍國主義興起下的臺灣基督長老教會學校》〉。《建道學刊》第 29 期(2008),頁 221-224。
2. 陳智衡。〈評王雪:《基督教與陝西》〉。《近代中國基督教史研究集刊》第 8 期(2008/2009),頁 116-118。

其他文章:

1. 陳智衡。〈總校監潘頓牧師〉《匯聲》。未刊稿。
2. 陳智衡。〈參與世界華福會議的觀察與思考（二）：培育與牧養青年世代〉《匯聲》。《匯聲》第797期。2024年1／2月。4－7頁。
3. 陳智衡。〈參與世界華福會議的觀察與思考（一）〉《匯聲》第796期。2023年12月。頁4－5。
4. 陳智衡。〈從南洋宣教到新界宣教的鄭科林牧師〉《匯聲》第739 期。2023年10月。頁6-7。
5. 陳智衡。〈從梧州到長洲：建道神學院125年的挑戰與恩典〉《建道通訊》。第213期。2023年10月。頁6 －13。
6. 陳智衡。〈存異中求同──二十世紀香港教會合一的挑戰〉《時代論壇》第1871期。2023年7月7日。
7. 陳智衡、廖炳堂。〈建道神學院學術研究的回顧與展望〉《建道通訊》。第209期。2022年10月。頁5－6。
8. 陳智衡。〈教會歷史的悲嗚與使命〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第772 期。2021年12月。頁3。
9. 陳智衡。〈張祝齡牧師示範「中華基督教會」的真諦〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第767／768期。2021年7月／8月。頁4－5。
10. 陳智衡。〈開拓新界福音事工的傳道者：黃述芳宣教師的貢獻與付出〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第763期。2021年3月。頁8－9。
11. 陳智衡。〈不平凡的傳道者區鳳墀長老〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第757期。2020年9月。頁4－5。
12. 陳智衡。〈被消失的中國宣道會〉《宣訊》第248期（2020年8月），頁1。
13. 陳智衡。〈首位華人牧師何福堂〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第754期。2020年6月。頁4。
14. 陳智衡。〈倫敦會來香港傳道的先行者：理雅各牧師〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第752期。2020年4月。頁4-5。
15. 陳智衡。〈晚清時期鼠疫的歷史反思：基督徒為了甚麼而存在？〉《時代論壇》第1698期。2020年3月15日。頁2－3。
16. 陳智衡。〈新時代的建道掌舵人〉《建道通訊》。第197期。2019年10月。頁5－7。
17. 陳智衡。〈把建道從梧州帶到長洲的劉福羣牧師〉《建道通訊》。第196期。2019年7月。頁5－7。
18. 陳智衡。〈建道根基的孕育〉《建道通訊》。第195期。2019年4月。頁6－9。
19. 陳智衡。〈中華基督教會的傳道工作〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第733期。2018年9月。頁4-5。
20. 陳智衡。〈籌辦神學研究生學術研討會的思想點滴〉《建道通訊》。第192期。2018年7月。頁14。
21. 陳智衡。〈建道消失的檔案：重尋佈道團的真實面貌（下）〉《建道通訊》。第190期。2018年1月。頁15-17。
22. 陳智衡。〈從「大媽舞」現象初探中國教會的傳教策略〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第66期。2018年1月。頁1－5。
23. 陳智衡。〈建道消失的檔案：重尋佈道團的真實面貌（上）〉《建道通訊》。第189期。2017年10月。頁14－16。
24. 陳智衡。〈中華基督教會全國總會九十周年對今天教會的啟迪與反思〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第721期。2017年9月。頁6－7。
25. 陳智衡。〈基督新教來華二百一十週年對今天教會的啟迪與反思〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第719／720期。2017年7月/8月。頁4－5。
26. 陳智衡。〈佈道團歷史性與時代性的反思〉《播種人》第82期。2017年6月。頁8－10。
27. 陳智衡。〈宗教改革五百周年對今天教會的啟迪與反思〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第713／714期。2017年4月。頁4－5。
28. 陳智衡。〈手執家傳之寶：佈道團文字工作過百年的挑戰與貢獻〉《播種人》第81期。2016年6月。頁11－14。
29. 陳智衡。〈淺談中國基督教政教關係變遷〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第64期。2016年4月。頁1－9。
30. 陳智衡。〈歷史文物展覽：二戰後中國基督教變遷〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第64期。2016年4月。頁10－11。
31. 陳智衡。〈中華基督教會與中國基督教三自愛國運動有甚麼歷史淵源？〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 695／696 期。2015 年 7／8月。頁 5。
32. 陳智衡。〈從「文獻資料室」到「歷史文物展覽室」〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第63期。2015年5月。頁1－2。
33. 陳智衡。〈建道學生佈道團百年簡史〉《建道通訊》。第179期。2015年4月。頁10－14。
34. 陳智衡。〈為甚麼首兩屆中華基督教會全國總會總幹事是由外國傳教士擔任〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 690／691期。2015 年 2／3月。頁 4。
35. 陳智衡。〈中華基督教會首位女牧師是誰〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 689 期。2015 年 1月。頁 2。
36. 陳智衡。〈本土意識對香港教會的影響與挑戰〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第62期。2014年11月。頁1－11。
37. 陳智衡。〈中華基督教會成立的原因和目的是甚麼〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 683／684期。2014 年 7／8月。頁 6。
38. 陳智衡。〈中國教會的社會角色與政治參與史略〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第60期。2013年10月。頁10－13。
39. 陳智衡。〈丁光訓主教與中國教會〉《基督教與中國文化研究中心通訊》。第59期。2013年01月。
40. 譚愛真口述，陳智衡記錄與整理。〈遺忘的記憶:譚子近牧師〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 618/619期。2009 年 2/3 月。頁 6。
41. 陳智衡。〈中華基督教會曾在香港消失的日子〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 622 期 。2009 年 6 月。頁 9-10。
42. 陳智衡。〈中華基督教會沙田堂簡史〉《中華基督教會沙田堂廿五周年紀念特刊(1982-2007)》。香港：該堂，2007。頁 4-8。
43. 陳智衡。〈沙田堂的終斷與延續〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 601 期。2007 年 9 月。頁 7。
44. 陳智衡。〈馬禮遜牧師對文字及教育工作的貢獻〉。中華基督教會香港區會編印。《馬禮遜牧師來華傳道二百周年紀念專輯(1807-2007)》。2007 年 8 月。頁 1。
45. 陳智衡。〈二百年前的帶職傳教士 – 馬禮遜〉。中華基督教會香港區會編印。《匯聲》第 599/600 期。2007 年 7/8 月。頁 5。
46. 陳智衡。〈為香港建立屬靈天幕的反思〉《時代論壇》第877期。2004年6月。頁10。